На территории района почвенный покров разнообразен – от серых лесных и пойменных почв до выщелоченных черноземов. Площадь сельскохозяйственных угодий 134,7 тыс. га, в т.ч. пашни – 70,4 тыс. га. Потенциальная возможность плодородия почв при возделывании зерновых культур, в среднем по району, составляет 11,1 ц/га.
Научные геологические исследования можно отнести к первой половине ХIХ в., когда на притоках р. Амыл стали открываться первые прииски (1837 г.) по добыче золота. В течение последующих пятидесяти лет было открыто более 100 приисков золотопромышленниками С.М.Колобовым, А.И.Хабаровым, Н.Н.Вяткиным, И.М.Ивницким, В.А.Мозгалевским, Н.И. Денисовым, Г.П.Сафьяновым, П.О.Крыловым, М.П.Богдановым и другими.
Большую исследовательскую работу по изучению полезных ископаемых проводил Минусинский публичный музей, организуя научные экспедиции на средства Восточно-сибирского отдела Географического общества. Геологические изыскания проводил в эти же годы горный инженер станицы Каратузской Евгений Людвигович Ружицкий.
В 30-е годы ХХ в. Минусинской геологоразведкой выявлены месторождения: в Нижних Курятах, Горловке и по р. Казыр – залежи скалистого известняка; в деревне Пономаревка – охры; в 6 км ниже с. Уджей находятся залежи огнеупорной глины.
Месторождения полезных ископаемых Каратузского района еще недостаточно изучены для промышленного освоения.
В настоящее время ОАО «Минусинская ГРЭ» проводит поиски месторождений хромитов в бассейне верхнего и среднего течения р. Амыл и рудного золота в линейной коре выветривания в Нижне-Амыльском рудном районе, выявлены перспективные площади на алюминий и асбест.
ЗАО «Золотодобывающая компания «Северная» и ОАО «Минусинская ГРЭ» ведут оценку месторождений россыпного золота.
На начало 2007 г. зарегистрированы и учтены балансом следующие месторождения полезных ископаемых:
Торф. Изучено 9 месторождений: Казинетка, Кедровое, Круглое, Лоськово, Романовское, Хайбалык, Чистое, Шумиловское, Шумиловское I. Исследованные запасы торфа составляют 8795 тыс. т. Забалансовые запасы – 146 тыс.т. Прогнозные ресурсы торфа (3807 тыс. т) сосредоточены на 7 направлениях: Александрово I, Александрово II, Верхняя Буланка, Еловское, Копь, Нижняя Буланка, Попугаевское.
Хром. Имеется перспективная площадь на хромиты в бассейне верхнего и среднего течения р. Амыл с прогнозными ресурсами – 20,4 млн.т.
Молибден. Рудопроявление Левое в гранитах. Максимальное содержание молибдена – 0,1 %.
Вольфрам. Кварцево-жильное рудопроявление вольфрама Семиречка. По данным единичных штуфных проб содержание оксида вольфрама в кварце составляет 1,43 %, золота – 0,4 г/т, серебра – 3 г/т, висмута – 0,002 %.
Ртуть. Кукшинское рудопроявление, которое оценивается как малоперспективное. Прогнозные ресурсы составляют не более 50 т.
Бериллий. Минерализация установлена в верховьях р. Семиречка, где выявлены зоны грейзенизации, кварцевые жилы и прожилки, свалы пегматитов с вкрапленностью берилла.
Золото россыпное. Верхнеамыльский золотоносный район включает россыпи правых притоков верховьев р. Амыл: Березовой, Пряха, Акулька, Изинзюль, Кундусуг и левый приток Кална.
Нижнеамыльский золотоносный район охватывает систему рек Зибизян, Большой и Малый Тюхтет с притоками.
Копский золотоносный район расположен в верхнем течении реки Копь по ручьям Бургон, Блялик, Тюрдей, Семенова, Мраморный.
Всего известно 14 месторождений россыпного золота.
Золото коренное. Ведется изучение Нижнеамыльской перспективной площади. Прогнозные ресурсы оцениваются в 1300 кг.
Кроме этого выявлено 9 рудопроявлений золота. Прогнозные ресурсы лишь на трёх рудопроявлениях («Воскресенское», «Мраморное I», «Участок Осиновый») составляют 2805 кг.
Также имеются песчано-гравийные материалы (14 тыс. кбм); глины, суглинки легкоплавкие для кирпича (2 млн. кбм); камни строительные (6 тыс. кбм); сырье для минеральных красок (3 тыс. т), в районе сел Курята и Таята открыты запасы извести.